羊肚菌栽培的成败主要有两个重要因素：
一是菌种选择，菌种选用不当，就会造成羊肚菌出菇不稳定，或者不出菇，即使是同一品种，不同的栽培地区，出菇结果也不同，纠其原因，是羊肚菌属于子囊菌纲，盘菌目，羊肚菌科，羊肚菌属的菌类。子囊菌纲的特性之一就是遗传因素并不稳定，容易产生变异。因此选择一个遗传性能相对稳定的品种是羊肚菌人工栽培成功的关键技术之一。在实际生产过程中，当年表现良好的菌种，经过保藏以后，下一年继续生长栽培的时候也会发生，相同的栽培管理模式，第一年和第二年出菇量就会发生天壤之别现象。这就是羊肚菌菌种在保藏的过程中产生了变异，变异的结果是结实率降低。好的菌种不容易买到，自己掌握育种技术是羊肚菌栽培过程中的重要一环。

经过我们多年生产实践栽培总结出来的经验是选用当年表现优异的羊肚菌子实体进行组织分离以后，再繁育出来的菌种进行栽培播种，由于转代次数少，变异性概率低。再进行播种，基本可以保障稳定的出菇率。综上所述，掌握成熟的羊肚菌育种技术是必要的。以下为大家详细的介绍羊肚菌菌种分离及提纯复壮技术：
一，选种菇正常情况在清晨还没有浇水之前采摘6分熟的，没有病害感染，虫害咬食的健康羊肚菌作为种菇，还要看菇形与其母本的外观形态相似度越高越好。采菇以后不要带土装入塑料袋中，根据不同品种写好标签。
二，种菇处理将采到的种菇进行测量，称重，并做好详细记录，测试种菇高，菌柄直径，菌帽直径，和菌帽高度。

三，准备工作将制备好的PDA 培养基试管，无菌水，储水罐，酒精棉，无菌棉摄子，酒精灯，火机，种菇等物品放到无菌操作台上，将杀菌灯开好，无菌风机同时打开，20分钟后就可以进行分离羊肚菌菌种的操作了。也可以在接种箱中进行，把上述物品全部放入接种箱。接种箱封闭好以后用二氯异氰悄酸纳薰蒸30分钟即可开始分离羊肚菌菌种的工作了。
四，分离菌种 1，带好手套，伸入无菌操作台的无菌区，或接种箱内，先用酒精棉球对双手手套外表进行彻底擦拭消毒，然后用无菌水对羊肚菌种菇进行冲洗冲洗过程的水倒入储水罐中，内外都要冲洗，冲洗时间为2-3分钟，冲洗以后用无菌棉吸干羊肚菌表面水分。然后将攝子用酒精棉消毒处理以后，放在酒精灯火焰顺风方向燃烧消毒，再将羊肚菌菌帽与菌柄处掰断，将菇帽部分放到一边，只用菌柄部分，再拿起一支试管（试管和菌柄同时用左手拿好，在酒精灯火焰顺风处取下棉塞，棉塞夹在右手中指和无名指之间，注意塞入试管部分的棉塞向外，不要与手接触，右手的拇指和食指拿摄子夹取菌柄与菌帽断开处的3毫米见方的一块羊肚菌组织，接入试管斜面培养基前端，塞好棉塞，放在旁边，注意始终保持试管培养基平面向下，轻拿轻放。然后再进行下一支试管的操作。

五，培养将分离好的菌种贴好标签：标签内容包括日期，品种名称等信息。然后就可以放在20-23度的条件下恒温培养。注意每天观察长势，杂菌感染严重的及时挑出。感染轻微的可以保留进行提纯处理。
六，提纯在分离的过程中，难免有杂菌感染，根据羊肚菌菌丝生长速度快的特点，即使有羊肚菌菌丝与杂菌共同萌发生长，经过三天培养，羊肚菌菌丝长势会超过杂菌一大截，遇到这种情况时就可以进行提纯处理：
1，准备工作：准备提纯的菌种，空PDA试管培养基，酒精灯，酒精棉，接种钩，火机。消毒处理和上述方法一致。
2，提纯流程戴好手套，用酒精棉擦拭消毒，将接种钩擦拭消毒，然后在酒精灯火焰顺风方向取下等待提纯菌种试管棉塞，用接种钩在酒精灯火焰处灼烧消毒处理以后将原来接入的已经感染杂菌的组织块部位的培养基一同钩出试管，没有感染杂菌长有羊肚菌菌丝的培养基保留1-2厘米即可。注意接种钩尽量不要接触到杂菌感染的部分。然后仔细对接种钩进行彻底消毒处理以后就可以取保留的羊肚菌纯菌丝接入新的PDA培养基中，大小以3毫米见方一块为宜。然后将提纯后的试管贴好标签，做好记录。再放到20-23度进行恒温培养。

七，菌种保藏分离，提纯好的羊肚菌菌种以后需要及时进行菌种保藏处理，具体请参照菌种保藏方法在适当的季节进行出菇栽培实验。