熟料瓶栽金针菇是金针菇工厂化、自动化生产的主要方式。日本和我国台湾省多采用瓶栽进行金针菇周年生产，容器一般选用广口瓶或罐头瓶及用高密度聚乙烯加工的专用生产瓶。我国主要是利用废弃罐头瓶作为容器培育金针菇，多在庭院进行小规模生产。
为充分利用空间，瓶栽金针菇通常采用层架势栽培。层架宽80厘米，层间距50~60厘米，长度不定，一般设置4~5层的床架。床架之间和床架与墙壁之间留60厘米宽走道，以便管理
培养料拌匀后要及时装瓶，为防止表面培养料失水变干、出菇困难及瓶下部氧气不足、菌丝生长缓慢，装瓶时要求下松上紧，装瓶高度以装至瓶肩为宜。装料完毕后，用“L”形铁条或其他工具把瓶上部料压紧，表面压平，后用捣木在瓶子中间打孔，深至瓶底，以便菌丝快速发菌，缩短发菌时间。
最后将瓶口和瓶身的培养料擦净，并塞好棉塞或盖上双层牛皮纸若采用罐头瓶等口径大于6厘米以上的容器，为防止培养料中水分蒸发，封口时要用1层薄膜先垫底，上盖1层牛皮纸或2层报纸封口，薄膜中央挖一直径3厘米的孔洞或划1条长5~6厘米的“X”形，以利通风换气。
瓶子装好后要及时进行灭菌，灭菌可以采用高压灭菌法，也可采用常压灭菌法。高压灭菌锅要选用能容纳1000~1500瓶的中型或大型蒸汽高压灭菌锅。瓶子装好后封严锅盖，检查放气阀、疏水阀等完好后，关闭排气阀及安全阀，大火猛烧。
当气压上升到0.05兆帕时，打开排气阀排放冷气，使气压表指针落至“0”，然后关闭排气阀，旺火猛攻，使气压迅速升至0.15兆帕后再用文火，保持恒压1~1.5小时，灭菌结束后，待压力降至“0”时，打开高压锅盖，再重新虚开或半开半关，利用锅内余热烘干棉塞或牛皮纸。当瓶温降到70℃时即可出锅，整个灭菌过程要观察温度并不断加水，以免将锅烧炸。
常压灭菌得不管采用直热式还是蒸汽输入式都应密闭，装锅前应检查进水管是否漏通、钢内水是否加足，温度计、排气孔等是否符合要求。灶内应设置层架，瓶子整齐地排入层架上，并关好灶门。
打开排气孔，旺火猛攻，排除炉内冷空气，1~2小时后关闭炉顶排气孔，使炉内温度在4~6小时内达到100℃，然后稳火控温，使温度一直保持在100℃以上，持续10~12小时，最后旺火猛攻1个小时，停火后再焖1夜，然后打开灶门，待瓶温降至70℃时即可抢温出锅。
灭菌过程中要坚守岗位。每小时向锅内补加热水20千克左右，以防烧干锅，停火后应继续加水防底火烧干锅整个过程要严禁掉温，如果掉温，要重新计时。灭菌后待瓶温降至35℃以下时即可将瓶子放入接种箱或接种室进行消毒后抢温接种。接种一般在接种室中进行。
瓶子入室前2天，按每立方米20~30克用量点燃硫磺熏蒸，接种前将灭过菌的瓶子、消毒液（75%酒精)、接种用具、菌种等移入接种室，一般1次接种400～600瓶，并将工作服、鞋帽等放入缓冲室，然后按每立方米10~15毫升甲醛加5~7克高锰酸钾或按每立方米4~6克消毒盒点燃密闭熏蒸6~8小时，同时打开紫外灯照射2小时后关掉。甲醛熏蒸的接种前要用25%氨水喷洒，以清除有害气体。
接种最好在气温低时进行。一般3人1组，其中2人接种，1人搬运菌种瓶。接种时先将菌种瓶表面用75%酒精棉球擦净，然后用消过毒的接种铲将菌种上部1~2厘米厚的菌种取出不用，再用消过毒的接种器捣取1块菌种迅速接入瓶子内的孔洞中，并盖上瓶盖或塞上棉塞。
接种时原种和待接种瓶口不能脱离无菌火焰区，每接完1瓶菌种，都要对手、工具进行消毒处理，以防相互交叉感染；一般每瓶生产种可接50~60瓶。从开始接种到结束不超过8小时，接种期间动作要轻，速度要快，并严禁随意进出。接种箱消毒接种方法与生产种制作相同，不再另述。
接好种的瓶子要及时移入培养室进行培养。培养室要求保温、黑暗、干燥通风，温度控制在22℃左右，空气相对湿度在70%以下。放入菌瓶前应先在培养室内喷一遍杀虫药和杀菌药液或用硫磺点燃熏蒸消毒后，再撒一遍生石灰粉，然后将接过种的培养瓶移入养菌。
菌丝生长过程中会产生大量热量，瓶内温度一般高于室温2~3℃，因此发菌期间要经常观察菌温变化情况，及时采取措施给予调整。7~10天后进行1次严格检查，对污染严重和未发菌的瓶子及时进行处理，以后每7天检查1次检查时将瓶子上下位置对换，以使发菌整齐一致。
养菌期间，每天通风1~2次，每次20~）分钟，以保证空气流通。
菌丝经过3~4周培养后，即可布满整个瓶子，当菌丝长到瓶底后，就可拔塞进行播菌。搔菌的目的是除掉表面老菌皮和已出过菇的衰老菌丝，使下层营养积累较丰富的洁白菌丝接触新鲜空气，以促使其早现蕾、多现蕾。搔菌时使用弧形小铲将瓶口老菌块及菌皮平整取出，见到浓白菌丝即可，搔后料面要平整，切忌损伤菌丝。
拔塞搔菌后即进入催蕾阶段，此时应将室内温度降至13~15℃，空气相对湿度增至85%，同时给予适量的散射光照。催蕾阶段一般须进行2次全面补湿，补湿的方法是用喷雾器在瓶口方向向下喷雾，然后用薄膜覆盖瓶口，每天城动薄膜2一3次，使瓶口内保持有利现密的小气候环境料面出现琥珀色水珠后为避免烂营就不宜再补湿。对迟迟不现密的瓶子要及时采取补救措施，料面干燥的要将瓶口浸入水中重新补湿催；补湿过多，料面发黑腐烂的应重新搔菌后再催蕾。
金针菇现蕾后要在100勒克斯弱光下培养，待幼菇长出瓶口1厘米后，晚间揭开地膜，对菇体大量喷水，白天盖上薄膜，促使幼菇健壮生长。一般连续揭盖2~3天即可，阴雨天可整天露菇。
当菇盖直径达0.6~1厘米时就要进行套袋。套袋的目的是提高袋内二氧化碳浓度和保持一定的湿度，为金针菇生长创造一个适宜的小气候条件，生产出菇柄洁白粗壮、菇盖小的理想商品菇。套袋可以用纸筒，也可以用塑料筒，在实践中以塑料袋扎口倒套效果为佳。
倒套塑料袋袋长25厘米，宽14.5厘米，厚0.2毫米，一头用回形针别住袋口，套袋之后，只要保持空间湿度90%左右，温度控制在12℃左右，并注意适当通风即可，一般1周后就可采收。倒套塑料袋袋口扎紧，袋内外相对隔开，受外界影响小，袋内湿度及二氧化碳浓度等小环境条件基本适合金针菇的生长，生产出的金针菇产量高、品质优。
金针菇从现蕾至成熟一般需要10~15天，当菇盖未开、菇柄长至12~20厘米时即可采收。为保证采收质量，一般采收前3天降低相对湿度至80%~85%，使菇体表面干燥。采收时用手将菇柄基部整个抓住，轻轻扭一下拔起，用小刀切除沾有培养基的黑褐色根部，整齐地分装到大小不同的塑料袋内。采收后要把瓶内散乱的小菇、死菇及腐烂根部清理干净。一般第一茬菇占总产量的70%左右。
头茬菇采收后，用铁耙搂去表层衰老菌丝，然后用直径2~3毫米粗的钢针打孔2~3个，孔深至瓶底，再用0.2%的尿素加0.1%的磷酸二氢钾或百万分之五十稀土溶液进行补水，补水可用浸水或喷雾等方法，以料吸足水分为止，几小时后将瓶中积水倒掉，在20~23℃条件下养菌7~10天后进行补湿盖膜，管理办法同第一茬菇。一般可采收3次，生物学效率在120%左右。
