1、首先要将旧菇房打扫干净，把旧菇房里面的原种植残留物、培养料等全部清除除去，嫌太麻烦的可以将这些东西堆放到距离菇房大约500米远的地方另行处于。
2、将旧菇房的架子、工具等用干净的水冲洗干净，然后搬到太阳下晒上一会，之后在将旧菇房内墙、地面扫清后用水冲洗干净。
3、菇房通风是非常重要的环节之一，将菇房门窗打开，让阳光照耀进房屋，有条件的可以将菇房棚顶打开，通风、干燥20-60天。等菇房干燥后用敌敌畏熏房(使用敌敌畏时注意安全，使用后洗手)，杀虫剂喷打床架、店面、墙面、房顶杀虫，然后再用多菌灵、托布津细细喷打2-3次，进行消毒杀菌。
4、在菇房内各个角落及菇房周边撒施漂白精或生石灰杀虫、杀菌。可以使用生石灰或者建筑用的块状或粉末状的生石灰，千万不要用已经水解了的熟石灰。因为生石灰具有杀虫、杀菌的作用，而熟石灰(生石灰加水后经过化学反应的生存物)杀菌、杀虫效果差。而且生石灰是呈固态或块状或风化后呈粉末状，熟石灰呈糊状或白色泥样，已经水解了的熟石灰不利于进行撒施工作，增加菇房消毒灭菌工作量。
